重庆地区水系发达，河流纵横，境内流域面积大于100平方千米的河流有274条，其中流域面积大于1000平方千米的河流42条，包括长江、嘉陵江、渠江、涪江、乌江、芙蓉江、阿蓬江、綦江、酉水等。这些河流除任河注入汉江，酉水注入北河汇入沅江（洞庭湖）、濑溪河和清流河注入沱江外，其余均在境内注入长江汇进三峡水库。长江自西南向东北横贯全境，乌江、嘉陵江为南北两大支流，形成不对称的、向心的网状水系。

1.长江河流长度6296千米，流域面积1786723平方千米，由7000余条大小支流组成，发源于青藏高原唐古拉山主峰各拉丹冬西南侧，在江津区进入重庆，流经江津、永川等18区县，在巫山县碚石出境，重庆市境内河长691千米，境内流域面积82370平方千米，入重庆市境水量2769亿立方米，出境水量4290亿立方米。

2.嘉陵江河流长度1132千米，流域面积158958平方千米，是长江水系中流域面积最大的支流，发源于陕西省凤县秦岭山脉代王山南侧，在合川区进入重庆，渝中区朝天门汇入长江，流经合川、北碚、沙坪坝、渝中等6区县，重庆市境内河长152千米，境内流域面积9590平方千米。

3.乌江河流长度993千米，流域面积87656平方千米，流域平面形态呈狭长弧形，由西南向东北转为北向，源头位于贵州省西部乌蒙山，在酉阳龚滩进入重庆，于涪陵区市区东汇入长江，流经酉阳、彭水、武隆、涪陵等4区县。重庆市境内河长223千米，境内流域面积15753平方千米。

4.綦江河流长度223千米，流域面积7089平方千米，长江右岸支流，发源于贵州省习水县仙源镇黄瓜垭，由南向北流经桐梓县、重庆綦江区，于江津区支坪街道汇入长江。重庆市境内河长157.5千米，境内流域面积4751平方千米。

5.龙溪河河流长度238千米，流域面积3248平方千米，长江左岸支流，发源于重庆市梁平区梁山镇，流经梁平区、垫江县、长寿区，于长寿区凤城东入长江，是中国以发电为主要目的的最早实现梯级开发的河流。

6.大宁河河流长度181千米，流域面积4366平方千米，长江左岸支流，发源于重庆市巫溪县高楼乡，流经开州区、巫溪县、巫山县，至巫山县城巫峡镇汇入长江。

7.酉水河流长度484千米，流域面积19344平方千米，沅江最大支流，发源于鄂西山地火烧堡东南麓，流入重庆后经酉阳县、秀山县出境，重庆市境内河长98.6千米，境内流域面积4851平方千米。

8.任河河流长度219千米，流域面积4902平方千米，汉江右岸一级支流，发源于重庆市城口县境内大巴山南麓的大燕山，自东南流向西北出重庆，重庆市境内河长128千米，境内流域面积2345平方千米。

9.涪江，长江支流嘉陵江的右岸最大支流。发源于四川省松潘县与平武县之间的岷山主峰雪宝顶。涪江南流经四川省平武县、江油市、绵阳市、三台县、射洪市、遂宁市、重庆市潼南区、铜梁区等区域，在重庆市合川区汇入嘉陵江。全长700千米（一说670千米），流域面积3.64万平方千米。